La Universidad CAECE comenzó su actividad en abril de 1967.

Tras obtener rápidamente el reconocimiento provisorio del Ministerio de Educación de la Nación lanzó sus primeras carreras: las Licenciaturas en Matemática y Sistemas. En su momento, la Licenciatura en Sistemas fue la primera de su índole creada en el país. Diez años más tarde abrió las carreras de Licenciaturas en Ciencias Biológicas y en Ciencias Pedagógicas, ambas dotadas de la infraestructura adecuada para desarrollar los correspondientes trabajos prácticos. Dentro del área de Ciencias Pedagógicas se dictaba la Licenciatura en Psicopedagogía. A finales de los años setenta la Universidad había crecido y funcionaba en dos edificios: uno en la calle Solís y otro en la Av. Belgrano. El número de alumnos oscilaba entre 700 y 800. Se dictaban también seminarios extracurriculares (como el de Epistemología) y cursos de perfeccionamiento para profesores. Después de un largo proceso iniciado en 1978, que incluyó varias inspecciones y la presentación de una amplia y frondosa documentación, la Universidad CAECE obtuvo el reconocimiento definitivo del Ministerio de Cultura y Educación, el cual tiene un importante significado para las universidades privadas, puesto que les confiere una autonomía similar a la de las universidades estatales.

En 1982 la Universidad pasó a ocupar el edificio que durante 18 años fue su sede central, en Avenida de Mayo 1400, y a partir de abril de 1996 incorporó su nuevo edificio de Avenida de Mayo 866, sede Av. de Mayo, construido especialmente para el desarrollo de sus actividades educativas. A partir de 1996 se incorporaron nuevas carreras como Comunicación Social y Marketing. Dos años después, se lanzaron la Licenciatura en Administración de Negocios y Contador Público. Al año siguiente, y en virtud de un convenio con la Fundación para el Desarrollo de los Estudios Cognitivos (Fundec) se instrumentó la Licenciatura en Gestión Educativa y la Maestría en Gestión de Proyectos Educativos.

Con el propósito de extender el servicio académico a otras ciudades importantes del país, en el año 1993 se firmó un convenio de colaboración académica con la Fundación Bolsa de Comercio de Mar del Plata, que dió inicio a actividades académicas en 1996. Dicho proceso se consolidó con la autorización del Ministerio de Educación de la Nación para constituir una sede de la Universidad en la ciudad de Mar del Plata en 1997. Las actividades de la sede CAECE Mar del Plata comenzaron formalmente en 1998. Allí se dictan las Licenciaturas en Turismo, Sistemas, Relaciones Públicas e Institucionales, Marketing, Administración Hotelera, Administración de Negocios y Administración Agraria, entre otras.

En el año 1998, y a partir de un convenio de colaboración académica con el Colegio Carmen Arriola Marín, de San Isidro, Provincia de Buenos Aires, se iniciaron las actividades en el anexo constituido en el mencionado colegio, donde se ofrecen las Licenciaturas en Sistemas, Marketing, Administración de Negocios, Comunicación Social y Contador Público.

En 1998 la Universidad CAECE incorporó las Licenciaturas en Enseñanza para profesores que permite a docentes de nivel medio acceder a un título de grado universitario en trece especializaciones. Y además la Licenciatura en Gestión Ambiental. En el año 2000 se crearon las Licenciaturas en Psicología Social y Psicomotricidad.

La expansión de la oferta académica continuó con la creación de la Ingeniería en Sistemas y las licenciaturas en Ciencias de la Computación y Gestión de Sistemas y Negocios. Además, durante 2003 se crearon nuevas tecnicaturas universitarias en el área de Sistemas. Por otra parte, durante ese año experimentó un importante crecimiento la oferta de cursos y seminarios de extensión universitaria.

Merced a diferentes convenios con organizaciones no gubernamentales, fundaciones y empresas, en el ámbito de la universidad tienen lugar actualmente proyectos de conservación de la biodiversidad, investigación científica y desarrollo tecnológico.

Origen del nombre

"CAECE" fue en un comienzo la abreviatura de "Centro de Altos Estudios en Ciencias Exactas", pero posteriormente la incorporación de nuevas carreras hizo que tal denominación resultara inadecuada. Por ello se adoptó como nombre de la Universidad la palabra "CAECE", sin puntos de abreviatura, y se dejó de lado el extenso nombre anterior. En la actualidad la denominación oficial es "Universidad CAECE" y su abreviatura es "U. CAECE".